Johannes vom Kreuz stammte aus verarmten Adel, sein Vater verdiente sich seinen Lebensunterhalt als Weber. Für den Sohn Juan (Johannes) schien die Laufbahn eines armen Handwerkers vorausbestimmt. Doch dieser arbeitete viel lieber als Krankenpfleger im nahen Spital von Medina del Campo. Er arbeitete mit großem Eifer und war sehr beliebt bei den Kranken. Nebenbei besuchte der junge Krankenpfleger in den freien Stunden das örtliche Jesuitenkolleg. 1563 trat er in das Karmeliterkloster zu Medina del Campo ein und konnte Theologie und Philosophie in Salamanca studieren. 1568 wurde er zum Priester geweiht. Mit großem Missfallen hat er die Verfallserscheinungen im Karmeliterorden beobachtet und beschloßen, sich dessen Reform als Hauptaufgabe zu machen. Aber ebenso wie Teresa von Ávila (siehe 15.10.), stieß der junge Ordenspriester auf großen Widerstand. Man hat ihn sogar festgenommen und misshandelt. Viele seiner Reformpläne konnte er bis zu seinem Tod nicht verwirklichen. Erst viel später wurde die Bedeutung des großen Theologen erkannt.